草部吉見神社の主祭神は、初代神武天皇の第一皇子である日子八井命（ひこやいのみこと / 別名：草部吉見神）です。社伝や地域誌の記録によると、日子八井命が日向国（宮崎）から肥後国（熊本）へ入られた際、この地には巨大な火口湖のような池（吉見池）があり、凶暴な大蛇が棲みついて農民や旅人を苦しめていました。
日子八井命は民の苦境を救うため、弓矢を取って激しい戦いの末に大蛇を見事に退治しました。その際、大蛇の流した血で水面が真っ赤に染まり、池から立ち込める悪臭や災禍を鎮めるため、周囲に生い茂っていた茅（カヤ）や草を刈り集めて池を埋め立て、その上に自らの館（宮）を築いたと伝えられています。この「草を敷き詰めて壁（あるいは部屋）を造った」という故事こそが、現在の「草部（くさかべ）」という地名の直接の語源です。
つまり、草部吉見神社が下り宮となった物理的な理由は、「もともと大蛇が棲んでいた深い池の跡地に社殿を建てたため」という明確な歴史的・神話的背景が存在するのです。阿蘇神社（主祭神：健磐龍命）と並び、阿蘇カルデラ開拓の二大潮流を形成する極めて重要な古代信仰の拠点がここにあります。
