日常の食事において、ぶどうの種を誤って丸呑みしてしまったとしても、人体に深刻な悪影響が及ぶことはまずありません。人間の消化管は強固なリグニンやセルロースで覆われた種皮を分解できないため、胃酸や消化酵素で溶かされることなく、通常は1〜2日程度で便と一緒に体外へと自然排出されます。
かつて昭和の時代から広く語り継がれてきた「果物の種を飲むと盲腸（急性虫垂炎）になる」という説は、現代医学において根拠のない都市伝説として完全に否定されています。虫垂炎の主原因はリンパ組織の腫大や糞石（便が石灰化したもの）の閉塞であり、異物として果物の種が虫垂に迷入する確率は極めて稀です。日本外科学会や消化器内科の臨床データにおいても、ぶどうの種が直接的な引き金となった症例は統計上ほぼ無視できる水準にとどまります。
また、アンズやウメ、ビワなどのバラ科植物の種子に含まれる「アミグダリン（青酸配糖体）」と混同され、「ぶどうの種にも青酸毒があるのではないか」と懸念されるケースがあります。しかし、ブドウ科であるぶどうの種子には有害レベルの青酸化合物は含まれていません。生で数粒噛み砕いた程度で中毒症状を起こす危険性はなく、安心して果肉と一緒に味わうことができます。
