身体的な特徴以上に気になるのが、隔世遺伝が性格や知能へ与える影響です。双生児研究をはじめとする行動遺伝学のデータによれば、知能（IQ）の遺伝率は約50〜60％、性格の主要な傾向（外向性、神経症傾向、誠実性など）の遺伝率は約30〜40％とされています。
しかし、知能や性格は非常に無数の遺伝子が関与するうえ、成育環境、教育方針、人間関係といった「環境要因」の比重が極めて大きい領域です。特定の一つの遺伝子が世代を飛び越えて性格を完全にコピーすることは科学的に考えにくく、「祖父と頑固なところがそっくり」といった現象は、潜在的な気質の一部共有に加え、家族内の心理的な同一化や後天的な環境が重なって形成されている側面が強いと分析されています。
