観光客が最も直面しやすい誤解が「事前の席予約」に関するルールです。あつた蓬莱軒では、通常の食事（ひつまぶしや丼物の単品利用）における席のみの事前電話・WEB予約を一切受け付けていません。これは本店・神宮店・松坂屋店の全店舗で共通の運用となっています。
例外として予約が認められているのは、会席料理（コース料理）を注文する場合の個室利用に限られます。ただし、会席料理は一定以上の価格帯と人数制限が設けられており、平日限定などの条件も厳格に定められています。そのため、一般的な観光・旅行で訪れる場合は「当日受付」が基本原則となります。
週末や祝日、ゴールデンウィークやお盆、正月三が日などの繁忙期におけるあつた蓬莱軒の待ち時間は、昼のピーク時で120分〜240分（2時間〜4時間）に達することも日常茶飯事です。平日であっても、12時前後のランチタイムや18時以降のディナータイムには60分前後の案内待ちが発生するため、無計画な訪問は大幅な旅程の狂いを招きます。
