昼間の穏やかな雰囲気から一変、幻想的な世界が広がるのが夜間イベントです。初夏(例年5月下旬から6月上旬)に開催される宇治市植物公園のホタル ナイター開園は、自然に近い小川のせせらぎに飛び交うゲンジボタルを間近で観察できる貴重な機会として知られています。
また、秋の紅葉シーズンや冬場に実施される宇治市植物公園のライトアップイベントでは、光と植物が融合したドラマチックな演出が施され、デートスポットとしても高い人気を博します。
ただし、夜間イベント時は周辺道路や駐車場が大変混雑します。特にホタルの見頃時期の週末は19時前後に入場待ちの行列ができることもあるため、点灯開始前の18時頃に入園しておくか、公共交通機関を利用するのが混雑回避のポイントです。