近年の非破壊X線分析や超高精細スペクトルカメラを用いた調査によって、鳳凰堂の内部を彩っていた創建当初の色彩が鮮明に浮かび上がってきた。長年の歳月によって落ち着いた渋い色調を見せている木部だが、かつては宝相華（ほうそうげ）模様や鮮やかな朱、群青、緑青（ろくしょう）が入り混じる絢爛豪華な色彩で満たされていたのだ。
2026年に発表された最新の研究データは、当時の絵師たちが用いていた天然顔料の精巧な調合技術を立証した。暗がりの中に揺らめく灯火の光を受けて、金箔と鮮やかな塗料が立体的に浮かび上がる演出が施されていたことが、現代の技術によって科学的に再現されつつある。
