不耕起栽培において最も頭を悩ませるのが雑草と害虫の管理です。しかし、自然農法や有機農業の達人たちは、雑草を「根絶すべき敵」ではなく「土を肥やす資材」として活用しています。
基本となる手法が、刈り取った雑草を作物の株元に敷き詰める「草マルチ」です。日光を遮断して新たな雑草の種の発芽を抑制しつつ、土壌の乾燥を防ぎます。敷かれた草は地表の微生物やミミズによって徐々に分解され、良質な腐植（植物の栄養源）へと変化していきます。
近年支持を広げる「炭素循環農法」の考え方を取り入れ、もみ殻やウッドチップ、枯れ草など炭素率（C/N比）の高い有機物を表層に補給することで、糸状菌（キノコ菌など）を活性化させるアプローチも極めて効果的です。
害虫対策に関しても、単一の作物を広範囲に植えるのではなく、マリーゴールドやバジル、ネギ類などのコンパニオンプランツを混植することで天敵の生息環境を作り出し、害虫の大量発生を自然のバランスで抑制する生態系管理が基本となります。
