沖縄こどもの国が最も混雑するのは、土日祝日の11:00〜14:00です。この時間帯はメインゲート直近の第1・第2駐車場が満車になりやすく、少し離れた臨時駐車場へ誘導されるケースがあります。
混雑をスマートに回避する決定的な裏ワザは、「開園直後（9:30）の到着」と「動線の逆張り」です。開園と同時に入園した場合、まず午前中の涼しいうちに高低差の大きい屋外動物園エリアを反時計回りで周遊し、気温が上昇し混雑が本格化する11時過ぎに屋内施設であるワンダーミュージアムへ移動するのが最も効率的なルート設計となります。
園内でのランチ事情としては、メインハウス内のカフェレストランや広場周辺の軽食売店、土日祝日に出店するキッチンカー等でタコライスや沖縄そば、ポークたまごおにぎりなどを手軽に調達できます。芝生エリアやベンチが多く設置されているため、天気の良い日は手作り弁当を持ち込んでピクニックを楽しむ家族連れの姿も多く見られます。
また、園外で沖縄市ならではのランチを楽しみたい場合は、車で約5分の場所にある日本最古のショッピングセンター「プラザハウスショッピングセンター」内の多国籍レストランや、コザのゲート通り周辺で本格的なオールドアメリカンスタイルのハンバーガーやステーキを味わうコースが、観光導線として極めて優れています。
なお、例年12月下旬から年末年始にかけて開催される沖縄最大の冬のイルミネーションイベント「沖縄こどもの国 クリスマスファンタジー」の開催期間中は、夕方以降に周辺道路（国道330号・県道周辺）で深刻な渋滞が発生します。この期間に訪れる場合は、15時前後の明るい時間帯に現地へチェックインしておくことが混雑トラブルを避ける鉄則です。
