梅シロップ作りの過程で最も頻発するトラブルが「発酵による泡立ち」と「液の白濁」、そして「白い浮遊物の発生」です。仕込みから数日後に瓶の底や梅の周囲から炭酸ガスのような細かな泡が立ち上り、アルコール臭（お酒のような匂い）が漂い始めた場合、皮に自生していた酵母菌が活発に糖分を分解しているサインです。
この発酵現象を予防する決定打となるのが、仕込み時に「食酢」を添加する手法です。梅1キロに対して純米酢、リンゴ酢、または穀物酢を50ml〜100ml回し入れます。酢を少量加えることで、瓶内のpH値が速やかに酸性（pH4.0以下）へと傾き、野生酵母や雑菌の初期増殖が強力に抑制されます。完成したシロップにツンとした酸味が残ることはなく、むしろ後味が引き締まり、エキスの抽出を促進する効果も兼ね備えています。
万が一、液が濁って泡立ったり、表面に白い膜（産膜酵母）が張ってしまった場合でも、初期段階であれば以下の手順で救済が可能です。
【発酵・白膜発生時の加熱殺菌レスキュー法】
1. 瓶から梅の実を清潔なおたまやすくい網で速やかに取り出します。
2. シロップを目の細かいガーゼやキッチンペーパー、コーヒーフィルターで濾過し、浮遊した酵母の膜や沈殿物を除去します。
3. 濾したシロップをホーロー鍋またはステンレス鍋に移し、弱火にかけます。
4. 温度計を用いて液温を80℃まで上げ、弱火を維持しながら10〜15分間加熱します（沸騰させてグラグラ煮立たせると梅のフレッシュな香気成分が飛んでしまうため、80℃前後をキープするのが鉄則です）。
5. 立ち上るアクを丁寧に取り除き、火を止めて完全に冷ました後、再度アルコール消毒した清潔な瓶に戻します。
なお、表面に発生した浮遊物が「緑色や黒色でフワフワとした綿毛状のカビ」である場合や、明らかな腐敗臭・カビ臭が液体全体に移っている場合は、毒素生成の懸念があるため加熱による再利用を諦め、廃棄の判断を下す必要があります。
