公立中学校を選択する上で避けて通れないのが、居住地ごとに定められた指定通学区域です。国分寺市立第三中学校の学区は、主に以下の地域で構成されています。
【国分寺三中の主な通学区域】
・並木町1丁目〜3丁目(全域)
・北町1丁目〜5丁目(全域)
・西町1丁目〜5丁目(一部、指定変更可能区域あり)
学区内には主に国分寺市立第七小学校や第八小学校があり、これらの小学校を卒業した児童が三中へ進学する流れが定着しています。小学校同士の距離感が近く、低学年次から地域のスポーツクラブや地域行事で顔見知りになっているケースが多いため、進学時に人間関係をゼロから構築するストレスが少ない点もメリットです。
また、国分寺市では小中一貫教育の取り組みが進められており、小学校と中学校の教員が合同研修を行ったり、部活動体験やオープンスクールを通じて小学校6年生が中学校生活を事前に体感する機会が整えられています。これにより、進学直後のいわゆる「中1ギャップ」を最小限に抑える配慮がなされています。