晩年の花紀京をめぐっては、長らくファンの間で様々な臆測が飛び交いました。突然のメディア露出激減に対し、一部の週刊誌やネットコミュニティでは「家族との不仲による隠遁生活」「重度の認知症」といった心ない風評被害が囁かれた時期もあります。しかし、関係者の公式証言を精査すると、そこには過酷な病と真摯に向き合い続けた闘病の日々がありました。
決定的な転機となったのは、2002年の舞台出演中に襲った脳梗塞でした。幸い命は取り留めたものの、言葉を操り絶妙な間を刻むことを至上命題としていた喜劇役者にとって、言語機能や運動機能への後遺症はあまりにも過酷な現実でした。「中途半端な姿で舞台に立ち、お客さんを失望させたくない」という強烈な美学から、花紀京は表舞台からの事実上の引退を決断します。
その後は大阪府内の自宅および療養施設にて静かな療養生活を続けていましたが、2015年8月5日午後7時24分、肺炎（誤嚥性肺炎）のため78歳で静かに息を引き取りました。華やかな脚光を浴びた喜劇王の最期は、スキャンダルとは無縁の、芸への誇りを守り抜いた静かな幕引きだったのです。
