工藤新一と毛利蘭の恋愛模様は、物語の縦糸として読者を牽引し続けてきました。長らく「両片思い」の状態が続いていましたが、大きな転換点を迎えたのが原作71〜72巻(アニメ616〜621話)のロンドン編です。ビッグベンの前で新一が放った「たとえオレがホームズでも解くのは無理だろーぜ!好きな女の心を…正確に読み取るなんてことはな!!」というストレートな告白は、名シーンとして語り継がれています。
その後、原作94〜95巻(アニメ927〜928話)の紅の修学旅行編において、一時的に元の姿に戻った新一に対し、蘭が清水寺の舞台で頬にキスを返す形で返答。二人は正式に恋人同士となりました。メールで「付き合ってるってことで、いいんだよね?」と確認する新一に対し、「付き合ってるに決まってるじゃない!」と返す蘭のやり取りは、連載20年以上の歳月を経て結実した歴史的瞬間でした。