長年愛される作品だからこそ、設定の奥深さには数々の驚きが隠されています。本編では語り尽くせなかった設定資料やスピンオフ、制作陣のインタビューから判明した「裏設定の真相」は、物語の解像度を一段と高めてくれます。
代表的なものが、エイリア学園の正体に関する背景設定です。彼らが「宇宙人」を名乗ったのは、アレイアの隕石によって力を得た吉良星二郎の復讐劇の一環でしたが、その母体となったのは孤児院「お日さま園」の子供たちでした。マスターランクの頂点に立った基山ヒロト（グラン）をはじめとする少年たちが、なぜ過酷な戦いに身を投じたのかという哀しい生い立ちは、シリーズ屈指の重厚な人間ドラマを形成しています。
また、世宇子中を巡る「神のアクア」事件の医学的・身体的影響や、アレスの天秤編における「スポンサー制度」の導入によって学校経営と部活動が直結したシビアな現実設定など、少年向けアニメの枠に収まらないダークなリアリズムもファンの心を惹きつけて止みません。
