桐蔭横浜大学の学費構造を把握する上で、最初の基準となるのが初年度納付金だ。入学金（約20万円）に加え、授業料、施設設備費、実験実習費などが組み合わさり、専攻分野の特性によって総額が大きく分かれる。
伝統的な法学部（法律学科）の場合、初年度納付金は約135万円から140万円前後に設定されている。文系学部としては私立大学の全国平均に極めて近い水準だが、少人数制のゼミナールや資格試験対策講座が通常カリキュラム内に組み込まれている点を考慮すると、コストパフォーマンスの評価は分かれるところだ。課外予備校に頼らず学内リソースで司法試験や公務員試験を目指せる体制が整っている。
対照的に、実験機器や臨床実習を伴う医用工学部（臨床工学科・生命医工学科）は、初年度納付金が約175万円から185万円に達する。高度な医療機器を扱う臨床工学技士の国家試験対策や、バイオ・医療工学分野の最先端ラボを維持するための実習費が上乗せされるためだ。初期投資の額は大きいものの、医療現場直結の養成環境を買う対価と見なせる。
また、充実したトレーニング施設と専門測定機器を抱えるスポーツ科学部（スポーツ教育学科・スポーツ健康科学科）の初年度納付金は、約150万円から155万円で推移している。アスリート育成のみならず、地域スポーツ振興や教員養成、健康産業への就職を視野に入れた実技実習費が含まれており、施設利用頻度を考えれば妥当な価格設定と言える。
