2026年に入り、両社の提携運用にはいくつかの実用的な変更が加わっている。最も注意すべきは、空港でのチェックイン手続きやターミナル導線だ。特に首都圏の拠点である羽田空港第1ターミナルを発着するスターフライヤー便に、ANA便名（NH4700番台など）のコードシェア便として搭乗する場合、発券システムや保安検査場の通過手順に関する最新仕様を理解しておく必要がある。
運航自体はスターフライヤーの機材および客室乗務員によって行われるが、ANA公式サイトやアプリから予約した場合と、スターフライヤー直接予約の場合とでは、手荷物の無料預け入れ許容量や座席指定可能エリアに微細な差が生じるケースがある。直前変更の可否やオンラインチェックインの挙動についても、最新の共通システム導入に伴いルールが整理された。
空港に到着してから慌てないためにも、予約完了時の確認メールに記載された「運航会社」の表記とターミナル案内を必ずチェックしてほしい。ANA便名で予約していても、羽田での乗り場は第2ターミナルではなく第1ターミナル南ウイングとなる基本ルールは変わらないが、受託手荷物の自動預け払い機（ANA Baggage Drop）の利用範囲など、細かい運用ルールに更新が入っている。
