神戸小豆島フェリー料金は、旅客運賃、車両航送運賃、手荷物・特殊手荷物（バイク・自転車）運賃、そして座席指定オプション料金で構成されています。土日祝日や特定繁忙期には休日ダイヤ・深夜料金が加算される仕組みです。
旅客基本運賃と往復きっぷの割引率
徒歩乗船の場合、片道旅客運賃は大人1名あたり2,200円〜2,700円程度（時期・曜日変動あり）と、新幹線や高速バスを乗り継ぐルートに比べて極めてリーズナブルです。さらに、現地で滞在して同一航路で戻る旅程であれば、往復割引往復きっぷを購入することで片道あたりのコストをさらに圧縮できます。有効期間は通常14日間となっており、週末旅行から長期滞在まで幅広くカバーします。
マイカー・二輪車ユーザー必見の車両航送運賃
車長6m未満の乗用車を航送する場合、片道あたり約12,000円〜18,000円（運転手1名の基本運賃含む）が相場となります。小豆島内は公共交通機関の運行頻度が限られているため、現地でのレンタカー代金と航送運賃を天秤にかけて選択するのが賢明です。
また、サイクリストやツーリング愛好家に向けたバイク自転車航送運賃も明確に設定されており、自転車なら数百円〜千円前後、自動二輪（排気量別）も数千円程度で積載可能です。瀬戸内しまなみ海道と並ぶ人気を誇る小豆島一周（通称・マメイイチ）を目指すライダーにも選ばれています。
