ネット上の質問サイトや歴史フォーラムで頻出するのが、「幕府は政府の一種なのか、それとも政府とは別個の存在なのか？」という疑義です。この混乱を解く鍵は、「幕府」という言葉の語源と、当時の人々が自分たちの統治機構をどう認識していたかにあります。
驚くべきことに、江戸時代に生きていた庶民や武士の大半は、自らの統治機構を「幕府」とは呼んでいませんでした。「幕府の定義と語源」を紐解くと、もともと古代中国において出征中の将軍が張る陣営（幕舎）を意味し、転じて近衛大将の居館を指す雅称でした。江戸期の人々は、徳川の支配機構を「公儀（こうぎ）」あるいは「御公儀」と呼称していました。幕府という言葉が公的に広く定着したのは、幕末の尊皇攘夷運動の中で「朝廷（天下の公）」と「徳川家（武家の私権）」を峻別し、将軍の権威を相対化するために水戸学派などが意図的に多用した結果です。
政治学・行政学の学術的定義に照らせば、「幕府は間違いなく当時の日本における政府（中央統治機構）」です。外交権を掌握し、全国に通用する基本法（武家諸法度）を発布し、通貨の発行権（慶長小判など）を独占していた点において、国家統治の要件を完全に充足しています。
しかし、近代憲法学が定義する「三権分立と幕府の仕組み」を照合すると、致命的な乖離があります。町奉行を例に取ると、彼らは現代でいう東京都知事（行政首長）、警視総監（警察トップ）、地方裁判所長（裁判官）の権限をすべて単身で握っていました。法律の制定、執行、裁断が一体化したシステムであり、チェック・アンド・バランスの概念が存在しなかった点が、近代政府との本質的な相違点です。
