一審の死刑判決に対し、弁護側は即日控訴。2024年3月12日、福岡高裁（市川多美子裁判長）が下した控訴審判決は、法曹界と社会に大きな衝撃を与えました。野村被告に対する死刑判決が破棄され、無期懲役へと減刑されたのです。
判決が覆った決定的な理由は、4事件の中で唯一の殺人既遂事件である「1998年の元漁協組合長射殺事件」についての共謀認定にあります。
福岡高裁は、元警部銃撃・看護師刺傷・歯科医師刺傷の3事件（いずれも殺人未遂）については、「工藤会の指揮命令系統に基づく組織的犯行であり、野村被告の共謀が認められる」として一審の有罪判断を維持しました。しかし、元漁協組合長射殺事件に関しては以下の論理を展開しました。
当時、野村被告は工藤会の前身組織である田中組の組長であり、工藤連合草野一家（当時）の最高トップの地位にはなかった点、また事件の動機や利権獲得の主導について、田上被告が深く関与していた形跡はあるものの、「野村被告が犯行を指示・了承したと認めるには直接証拠がなく、間接事実からの推認にも合理的な疑いが残る」と結論付けたのです。
日本の刑事裁判における量刑基準（いわゆる永山基準）において、殺人既遂（死者が出た事件）に関与していない場合、殺人未遂罪のみで死刑を選択することは法理上極めて困難です。元漁協組合長射殺事件が「無罪」と判断された結果、野村被告の罪責は3件の組織的殺人未遂にとどまることとなり、死刑判決の維持は法的に不可能となって無期懲役への減刑が言い渡されました。
