収穫作業は、土がしっかりと乾いた晴天の日を選び、スコップを株から少し離れた位置に差し込んで根を傷つけないよう慎重に掘り起こします。掘り上げた直後の下処理が、その後の保存性を決定づけます。
掘り上げた当日は、まず表面の泥を優しく手で払い落とし、畑の畝の上で半日ほど天日干しにして表面の余分な湿気を飛ばします。その後、保存形態に合わせて根切りと茎の切り方を適切に行います。
根は球の底を傷つけないよう5ミリ〜1センチ程度残してハサミで切り落とします。茎は、後述する吊るし保存を行う場合は15〜20センチ程度残し、ネットなどに入れて個別に保存する場合は球の上部3〜5センチ程度のところでカットするのが基本です。泥を洗い流すために水洗いするのは厳禁であり、乾燥を妨げてカビを呼ぶ大きな原因となります。
