前述の懸念を完全に払拭したのが、第3形態「エヴァ零号機・改&レイ」の実装です。進化に伴い、本ユニットは単なる耐久枠から、特定の高難度ステージを単騎で無力化する「戦略級ブロッカー」へと脱皮を遂げました。
最大の転換点は、自軍全体を背負う「波動ストッパー」アビリティの獲得です。敵の放つ凶悪な波動攻撃を零号機のラインで完全に消滅させ、後ろに控える射程の長い大型火力アタッカーを完全に防護します。しかも、量産型ストッパーである「ねこタコつぼ」の感知射程が130であるのに対し、零号機・改は感知射程350を保持しています。タコつぼが瞬時に消し飛ばされる長射程・高火力の波動ボス（キョセーヌ、大狂乱の巨神、ダディなど）に対しても、被弾を最小限に抑えつつ波動の盾として前線に居座り続けることが可能です。
さらに、「浮いている敵」と「天使」に対する「打たれ強い」特性が合わさることで、実質的な耐久値はLv30時点で数十万、キャッツアイを用いたLv50解放時には100万を超える驚異的なクッション性能を誇ります。エヴァコラボ特有の「使徒キラー」も標準装備しており、原作再現ステージでは他を寄せ付けない破壊力と耐久力を発揮します。
NP（にゃんこポイント）を投入する本能解放においては、「基本体力アップ」や「基本攻撃力アップ」に加えて、各種妨害耐性の強化が可能です。特に体力を底上げすることで、波動ストッパーとしての前線滞在時間が目に見えて延伸し、高難度レジェンドステージや降臨ステージにおける安定感が飛躍的に向上します。
