通常の飲用でリスクが極めて低いとはいえ、実際に「健診でAST（GOT）やALT（GPT）が急上昇した」と訴える利用者がゼロではない理由には、個人の体質と代謝メカニズムが深く関わっています。
ハーブや植物抽出物による肝機能障害の多くは、「薬物性肝障害（特異体質性）」に分類されます。これは成分そのものの毒性ではなく、アレルギー反応の一種として肝細胞に炎症が起きる現象です。ルイボスに含まれる豊富なフラボノイドやポリフェノールが、特定の遺伝的背景を持つ方の免疫系を刺激してしまう場合があります。
また、体内に取り込まれた有効成分はすべて肝臓の代謝酵素（シトクロムP450など）で分解処理されます。日頃から複数の処方薬を飲んでいたりアルコール摂取が多かったりする状態で濃いルイボスティーをがぶ飲みすると、肝臓の処理キャパシティを超え、一過性の細胞破壊によって血液中のAST・ALT値が押し上げられる仕組みです。
