御朱印をいただいた後は、境内にある歴史的なパワースポットを巡ることで参拝の充足感がより深まります。なかでも絶対に立ち寄りたいのが、本殿近くに湧き出る「長命水（ちょうめいすい）」です。
長命水は、神亀年間（西暦724年頃）に社殿を修造した際、地下から清水が湧出し、御神水として信仰されたことに始まります。1300年以上にわたり絶えることなく湧き続けるこの水は、無病息災・延命長寿の霊水として名高く、参拝者が手や口を清めて健康長寿を祈願する姿が日常的に見られます。
正門にそびえ立つ朱塗りの大鳥居（国指定重要文化財）は高さ約11メートルを誇り、空襲の戦火を奇跡的に免れた強運のシンボルでもあります。大鳥居をくぐり、松並木の参道を歩きながら長命水で清め、本殿へ参る――この王道の参拝ルートを辿ることで、氣比神宮の歴史を五感で実感できます。
