これほどの神性を誇るスーパーマンですが、完全無欠ではありません。むしろ、彼をドラマチックなヒーローたらしめているのは、極端すぎる弱点の存在です。
最も著名なのがクリプトナイト弱点です。故郷クリプトン星が爆発した際、超高熱と核融合反応によって変異した放射性鉱物資の破片を指します。緑色のクリプトナイトが放つ特有のアイソトープ放射線は、スーパーマンの細胞が太陽光線を吸収するプロセスを瞬時に阻害し、細胞膜を侵食します。近づくだけで彼は激痛に悶え、立っていることすらできなくなり、長時間の被曝は確実に死をもたらします。
なお、クリプトナイトには複数の色彩が存在し、それぞれ異なる影響を与えます。
- グリーン（緑）：筋力低下、耐性の喪失、死に至る激痛。
- レッド（赤）：予測不能な突然変異、情緒不安定、凶暴化を引き起こす。
- ゴールド（金）：クリプトン星人の超能力を永久的に奪い去る。
- ブルー（青）：不完全な複製体であるビザロに対してのみ、緑と同様の毒性を発揮する。
さらに見落とされがちな致命的弱点がスーパーマン魔法耐性の低さです。スーパーマンの無敵性はあくまで物理法則（電磁相互作用や重力場）に基づく生体バリアによるものです。したがって、物理法則そのものを超越・改変する「オカルト、呪術、神話的魔法」に対しては、一切の防御フィールドが機能しません。普通の人間と同じように呪いを受け、魔法で強化された剣や牙には容易に皮膚を切り裂かれてしまいます。ジャスティス・リーグ内でオカルト専門のジョン・コンスタンティンや魔法使いザターナが重宝されるのは、彼が魔法に対して完全に無力だからに他なりません。
