事態の深刻化を受けて、行政や農業団体の動きも風雲急を告げている。農林水産省は、全国の米穀販売業者および加工業者に対し、緊急の流通履歴（トレーサビリティ）監査を実施する方針を固めた。会見に臨んだ農林水産大臣は「不正な流通が事実であれば断じて容認できない。食の安全を脅かす行為には厳正に対処する」と強い語気で真相解明を誓った。
一方で、生産者と市場の中核を担う全国農業協同組合連合会（JA全農）も防衛策の強化を余儀なくされている。JA全農は被災した米の確実な集荷・廃棄プロセスの透明化を打ち出し、不正流出を防ぐための現地立ち会い検査を義務化するガイドラインを提示した。
しかし、既存の自主申告ベースの流通管理体系には限界も指摘されている。正規ルート外での取引を完全に遮断するには、米の一粒単位までの流通トラッキング制度や罰則の厳罰化が不可欠との声が根強い。
