富士山の山頂部が国有地ではなく私有地である背景には、400年以上にわたるドラマチックな歴史的経緯が存在します。山頂部の正当な所有者は、静岡県富士宮市に本宮を置く「富士山本宮浅間大社（ふじさんほんぐうせんげんたいしゃ）」です。
発端は慶長11年（1606年）、富士信仰に篤かった徳川家康が関ヶ原の戦いの勝利に対する神恩感謝として、本殿を造営するとともに「八合目以上の山頂部一帯を浅間大社の境内地として寄進」したことに遡ります。江戸幕府もこの寄進を公式に安堵し、江戸時代を通じて山頂は浅間大社の社領として扱われてきました。
しかし、明治維新後の1871年（明治4年）、明治政府が発令した「上知令（じょうちれい）」によって社寺領の多くが国家に没収され、富士山頂も国有地に編入されてしまいます。第二次世界大戦後、信教の自由と政教分離を定めた新憲法のもとで国有地の社寺への返還手続きが進められましたが、国は「富士山頂は公共性が極めて高い景勝地である」として返還を拒否し続けました。
これに対し、浅間大社側は1957年（昭和32年）に国を相手取って所有権確認を求める行政訴訟を起こします。裁判は17年の長きにわたり争われ、1974年（昭和49年）の最高裁判所判決において「八合目以上の山頂部は浅間大社の所有である」とする浅間大社側の全面勝訴が確定しました。
その後、測量作業や気象観測所跡地などの一部公共用地の除外処理を経て、2004年（平成16年）12月に正式な所有権移転登記が完了しました。現在、山頂の約385万平方メートル（東京ドーム約82個分）に及ぶ広大なエリアは、法的に浅間大社の「奥宮境内地」として私有地登記されています。
