ジェットスターのフライトで「なぜこれほど頻繁にスケジュールが乱れるのか」という疑問を抱く利用者は少なくありません。ジェットスター欠航理由として乗客へアナウンスされる代表的な名目は「使用機到着遅れ」「機材繰り」「乗務員手配」「悪天候」の4点に集約されますが、その深層にはLCCビジネスモデル特有の極限まで効率化された運航構造が存在します。
第一の構造的要因は、航空機の地上滞在時間をわずか30〜35分程度に圧縮した超過密スケジュールです。LCCは同一機材を1日に4〜6レグ（区間）連続でピストン運航させることで座席単価を抑えています。そのため、朝の第1便で発生したわずか15分の遅れが、各空港での搭乗手続きの遅れや滑走路の混雑と連鎖し、夕方以降には1〜2時間の大幅な遅延へと膨らんでいきます。
第二の要因が、主要空港に課せられた「門限（カーフュー）」と航空法に基づく乗務員の勤務時間制限です。例えば成田空港の発着制限（原則23時まで）や福岡空港の運用規制（22時まで）に間に合わないと判断された場合、目的地を目前にしてフライトそのものが打ち切られ、翌朝への玉突き欠航が発生します。また、遅延の累積によってパイロットや客室乗務員の法定最大乗務時間を超えてしまう場合、代替要員の待機数が少ない拠点空港以外ではフライトを維持できず、出発直前での欠航判断に至るのです。
ジェットスター・ジャパン公式発表詳細や国土交通省航空局が公開する特定本邦航空運送事業者に関する航空輸送サービスに係る情報によると、同社の運航率は大手キャリア（FSC）と比較して機材トラブル発生時のリカバリー余力が極端に薄い傾向が浮き彫りになっています。予備機を潤沢に待機させられないLCCの宿命が、利用者に「突然の運航異変」として体感される直接のトリガーとなっています。
