総合周産期母子医療センターとしての機能も、同院の不可欠な柱だ。ハイリスク妊娠や新生児の重症疾患に対応できる体制は、大津市周辺だけでなく滋賀県全域の妊産婦にとって大きな心の支えとなっている。全国的な周産期医療のリソース不足が叫ばれるなか、広域的な受け入れ態勢を維持し続けている。
小児救急においても、夜間や休日の初期・二次救急対応に力を注ぐ。小児科医と救急専門医が密にタッグを組み、急性疾患に対する迅速な診断が行われている。「夜間に子どもが急変した際も、ここへ連絡すれば診てもらえるという安心感がある」と地元の保護者からの信頼も厚い。