十二山神社で主祭神として祀られているのは、日本神話における山の総元締とされる大山祇命（オオヤマツミノミコト）をはじめ、その御子神である木花開耶姫命（コノハナサクヤヒメノミコト）、磐長姫命（イワナガヒメノミコト）などです。地域によっては「十二柱の山の神」を一括して奉斎している場合もあります。
大山祇命は山林資源の保護や鉱山守護にとどまらず、農耕の神（田の神）、酒造の神、さらには国土を守護する強大な霊力を持つ神格です。そのため、十二山神社に参拝することで得られるご利益は多岐にわたります。
- 厄除開運・邪気祓い：険しい山岳の霊気と神威により、心身の澱みを祓い清める。
- 商売繁盛・事業発展：資源を形にし、生活の糧を生み出す山の生命力にあやかる。
- 健康長寿・無病息災：磐長姫命の象徴である「岩のように揺るぎない生命力」を授かる。
- 家庭円満・安産祈願：木花開耶姫命の神話にちなむ、子孫繁栄と安産の御神徳。
- 交通安全・道中安全：山道や未開の地を切り拓く人々の足元を守護してきた伝承に由来。
現地を訪れた参拝者の証言でも、「鳥居をくぐった瞬間に張り詰めた清涼な空気を感じ、日頃の雑念が消え去った」「事業の節目に参拝し、道筋が明確になった」といった声が多く聞かれます。
