本来、おなら（腸内ガス）の約99％は、呼吸や飲食時に飲み込んだ空気（窒素、酸素）と、腸内細菌が炭水化物を分解する際に発生する水素や二酸化炭素、メタンガスで構成されています。これらは基本的に完全な無臭です。残りのわずか1％未満に含まれる微量成分こそが、鼻を突く悪臭を引き起こす元凶です。
悪臭の正体は、腸内の悪玉菌（ウェルシュ菌や大腸菌の一部など）が、過剰に摂取された肉類などの動物性タンパク質や脂質を腐敗発酵させる過程で発生します。このとき生成される代表的な物質が以下の3つです。
第一に硫化水素です。これは温泉街のような「腐った卵の臭い」の主成分であり、高濃度になると粘膜を刺激します。第二にインドールおよびスカトールで、し尿臭や特有の糞便臭を引き起こします。第三にメチルメルカプタンと呼ばれる腐った玉ねぎのような刺激臭です。腸内で悪玉菌が優位に傾くと、これら揮発性硫黄化合物が大量に産生され、排出されるガスに強烈な臭いが付着します。
