国内の工場対策が進んだにもかかわらず被害リスクが消えない最大の要因は、偏西風に乗って運ばれる越境大気汚染にあります。日本海側や高山地帯で観測される酸性降水には、大陸の大規模工業地帯や石炭火力依存地域から飛来する大気汚染物質が少なからず含まれており、国境を越えた汚染物質の移動が改善を難しくしています。
さらに見過ごせないのが土壌の緩衝能力の限界と蓄積疲労です。日本の土壌は火山灰由来の成分が多く、酸を中和する一定の力（緩衝能）を備えていますが、数十年単位で酸性雨を浴び続けた結果、許容量を超えた山林や水源地でマグネシウムやカルシウムなどの養分が流出し、徐々に土壌劣化が表面化しています。2026年の現在でも、過去からの負債と越境汚染の双方が複雑に絡み合っているのが実態です。
