長年にわたりファンの間で加熱しすぎた黒幕論争に対し、終止符を打ったのは他ならぬ作者・青山剛昌氏による公式発表でした。
2011年の雑誌インタビューやファン向けイベントにおいて、青山氏は読者からの直球の質問に対し、「ボスの名前は既に原作のどこかに出ている」「阿笠博士ではない」と明確に回答しました。さらに後年の対談や特別番組の取材でも「阿笠博士がボスだと、コナン君が可哀想すぎるじゃないですか」と笑顔で語り、物語の倫理的・感情的側面からも阿笠博士の黒幕説を完全否定しています。
そして物語は、2017年発売の『週刊少年サンデー』および単行本第95巻（File 1008）において歴史的な転換点を迎えました。17年前に起きた「羽田浩司殺人事件」の現場に残されたダイイングメッセージの暗号解読により、黒ずくめの組織のボス（あの方）の正体が、半世紀前に謎の死を遂げたとされる伝説的大富豪「烏丸蓮耶（からすま れんや）」であることが白日の下に晒されたのです。
烏丸蓮耶は、原作第30巻「集められた名探偵！工藤新一VS怪盗キッド」で登場した「黄昏の館」の元所有者であり、カラスをモチーフにした家紋や「七つの子」のプッシュ音（ボスのメールアドレス番号）と完全に一致します。この決定的な名探偵コナンの伏線回収により、阿笠博士黒幕説は公式設定の上で完全に幕を下ろしました。
