成魚のメダカの性別見分け方において、最も狂いのない判断材料となるのが「背ビレ」と「尻ビレ(腹部後方のヒレ)」の構造です。日本水産学会などの研究資料でも示されている通り、メダカの二次性徴はヒレの形態変化として顕著に現れます。
オスの背ビレには、後端付近に明確な「背ビレの切れ込み」が存在します。これは交尾時にメスの体をホールドするための器官として発達したもので、メスの背ビレにはこの切れ込みがなく、全体的に丸みを帯びた形状を保ちます。
さらに分かりやすいのが尻ビレの形状違いです。オスの尻ビレは横幅が広く、後方に向かってほぼ同じ幅で伸びる「大きな平行四辺形(四角形に近い形)」をしています。一方、メスの尻ビレは前方が長く後方に向かって急激に狭まる「三角形」を描きます。交尾の際、オスはこの幅広な尻ビレでメスの腹部を下から包み込むように密着させます。