来来亭を訪れる上で絶対に外せないのが、着席時（またはタッチパネル注文時）に指定できる「こだわり」と呼ばれる詳細なオーダーシステムです。一般的なチェーン店では追加トッピング扱いになるような項目も、基本料金の範囲内で細かくカスタマイズできます。
公式に用意されている基本のカスタム項目は以下の通りです。
- 麺の硬さ：バリカタ・硬め・普通・柔らかめ
- 醤油の濃さ：濃いめ・普通・薄め
- 背脂の量：多め・普通・抜き（※一部店舗や時間帯により調整あり）
- 一味唐辛子：あり・なし
- ネギの量：ネギ多め・普通・抜き
- チャーシュー：脂身・普通・赤身（※注文時に指定可能）
常連客の間で圧倒的な支持を集める王道の頼み方が「麺硬め・背脂多め・ネギ多め」です。極細ストレート麺に背脂が絡みつき、山盛りの新鮮な青ネギ（京都特有の九条ネギ系）が濃厚な油分をさっぱりと中和します。さらに、脂の甘みを存分に味わいたいならチャーシューを「脂身」指定、逆に肉の旨味を噛み締めたいなら「赤身」を指定するのが通の常識です。
