小林あやこのプライベートにおいて、最も大衆の関心を集めたのが「結婚生活の破綻」と「その後の家族構成」です。彼女が結婚したのは1999年、26歳の時でした。お相手は4歳年上の一般男性で、大手ゼネコンに勤務するエリート建築技師でした。
当時、華やかな芸能界の同業者ではなく、堅実な技術職の男性を選んだ点に「地に足のついた彼女らしい選択」と好意的な祝福が寄せられました。しかし、結婚から11年が経過した2010年、二人は静かに協議離婚を成立させます。
離婚に至った決定的な要因について、大手芸能紙の元取材記者はこう振り返ります。「元夫は海外プロジェクトを抱える多忙な技術者で、一時はフランス・パリなどへの長期赴任もありました。小林さんも日本国内で舞台やドラマのスケジュールが詰まっており、物理的な距離と生活時間のすれ違いが長期化していった。一部で浮気や金銭トラブルなどの不穏な噂が囁かれましたが、実態は全く異なります。互いの生き方とプロフェッショナリズムを尊重し合った末の、完全な円満離婚でした」。
また、ネット上で頻繁に検索される「子供の有無」ですが、夫妻の間に子供はいません。離婚発表時にも「お互いがそれぞれの道で前を向いて歩む」という姿勢が貫かれ、親権争いや養育費のトラブルとは一切無縁の潔い幕引きとなりました。2026年現在に至るまで再婚の報はなく、彼女は自身のライフスタイルを大切に保ちながら、気ままなシングルライフを充実させています。