保護者が最も関心を寄せる出口戦略において、同校は極めて戦略的な進路システムを構築しています。芝浦工業大学への内部進学率は約50〜60％で推移しており、生徒の過半数が系列大学への進学権を確保しています。
特筆すべきは、芝浦工大附属高校の推薦基準を満たしていれば、系列大学への内部推薦権を保持したまま、国公立大学や他私立大学を受験できる制度（※一部条件あり）が存在する点です。これにより、生徒は「浪人や進路未定のリスクを抑えながら、東京科学大学（旧東京工業大学）や国公立大農工系、早慶上理といった難関大学に挑戦できる」という心理的セーフティネットを享受できます。
実際の大学合格実績においても、国公立大学への現役合格者が堅調に推移しているほか、早稲田大学・慶應義塾大学・東京理科大学などの上位私大理工系学部への合格者が多数輩出されています。「理系の総合教育機関」としての指導体制が、内部進学と外部受験の両面で成果を挙げています。
