皮ごと漬け込むレモンの砂糖漬けにおいて、最も慎重になるべき要素が原料選びと表面の洗浄工程です。スーパーの店頭には、通年手に入る安価な外国産レモンと、瀬戸内や愛媛・和歌山などを主産地とする国産レモンが並んでいますが、皮を直接食す保存食においてはその性質が大きく異なります。
長距離の海上輸送を前提とする輸入柑橘類には、収穫後にカビの発生を抑制するための防カビ剤（OPP、TBZ、イマザリルなど）が塗布されているケースが多く、食品衛生法上の基準値内とはいえ皮ごと長期漬け込みするには抵抗感を覚える消費者が少なくありません。一方、国産レモンは「防カビ剤不使用（ノンケミカル）」や「ノーワックス」を掲げて出荷されているものが多く、皮特有の青々とした清涼感と安全性を両立しやすい利点があります。選ぶ際は、持ったときにずっしりと重量感があり、皮に適度なハリと弾力があるものを見極めるのが鮮度判別の基本です。
手元に輸入レモンしかない場合や、表面の汚れを完璧にリセットしたい場合は、物理的・化学的アプローチを組み合わせた3ステップのワックス除去法を推奨します。
第1ステップは「粗塩による擦り洗い」です。手のひらに大さじ1杯程度の粗塩を取り、レモンの表面を揉み込むように強く擦り合わせます。塩の角（結晶）がクレンザーの役割を果たし、表皮の油膜を削り落とします。第2ステップは「熱湯浸漬」です。ボウルに入れたレモンに熱湯を回しかけ、10〜15秒ほど転がすと、表皮のパラフィン系ワックスが融解して白く浮き上がってきます。第3ステップとして「食品用重曹水（水1Lに対して重曹小さじ2程度）に2分ほど浸けて流水で洗い流す」ことで、残留物質を徹底的に低減できます。最後に清潔なペーパータオルで水分を1滴残らず拭き上げることが、後述する腐敗やカビを防ぐ最大の防御策となります。
