よしもと祇園花月の本公演は、前半の「ネタステージ（漫才・落語・コント）」と後半の「吉本新喜劇」という贅沢な2部構成が定番スタイルです。合計の上演所要時間は約110分〜120分（途中休憩あり）となっており、観光スケジュールの合間にも組み込みやすい時間設計となっています。
前半のネタ出番には、賞レースを賑わせる人気若手コンビから、テレビでおなじみの看板芸人、上方演芸の重鎮まで多彩な顔ぶれが日替わりで登場します。劇場の近さゆえに、客席のリアクションを拾った長めのフリートークや京都ならではの時事ネタなど、生舞台ならではの即興性が存分に発揮されます。
後半を飾る吉本新喜劇は、祇園花月ならではのオリジナルストーリーや独自キャスティングが展開される点が大きな特徴です。辻本茂雄、すっちー、酒井藍、アキ、吉田裕といった歴代座長やリーダー陣が週替わりで座組を率い、ベテラン俳優と若手座員が息の合ったドタバタ劇を繰り広げます。京都の寺社仏閣や祇園の町並みをモチーフにしたご当地ネタが織り交ぜられることも多く、府外からの観光客でも思わず吹き出してしまう親しみやすい笑いが凝縮されています。
