映画の後半、海面上昇によって町全体が水没する展開以降、ファンの間では「全員が死後の世界（あの世）へ行ったのではないか」という都市伝説が長年囁かれてきました。この考察の根拠として、以下のような不穏かつ神秘的な描写が挙げられます。
町が水没しているにもかかわらず住民たちが穏やかに船で行き交っている点、デイケアサービス「ひまわりの家」の車椅子の老人たちが水底で立ち上がって元気に走り回っている描写、そして古生代のデボン紀の魚たちが悠然と泳いでいる異様な光景です。さらに「水没したトンネルをくぐる＝三途の川を渡るメタファー」という解釈も広まりました。
この都市伝説に対し、宮崎駿監督はドキュメンタリーや制作時の解説で「あの世を描いたのではなく、生と死が分かちがたく混ざり合った境界のない世界を描いた」と明かしています。水没した町は破滅の象徴ではなく、海と陸、過去と現在、生者と自然が境界を失って調和した「祝福された空間」であり、単純な死後の世界という解釈を超えた神話的な世界観が提示されているのが真相です。
