PSP版の醍醐味は、GBA版の追加要素を美しく再構築した2大追加ダンジョン「試練の洞窟」と「月の遺跡」にあります。
ミシディアの祈りの館を訪れることで、終盤に固定されていたパーティメンバーを、かつての仲間たち（ヤン、シド、パロム、ポロム、ギルバート）へ自由に変更できるようになります。試練の洞窟はミシディア南西の山脈に位置し、復帰した初期メンバー専用の強力な武器や防具が手に入ります。
ラストダンジョンクリア後に出現する「月の遺跡」は、深層へ進むごとに仲間ごとの個別試練フロアがランダムに出現する長大なダンジョンです。各試練を突破することで、キャラ固有の最強アビリティや専用装備（セシルの「ライトブリンガー」、カインの「アベルのランス」など）が解放されます。
エンドコンテンツを安定して攻略するためのおすすめパーティ編成は以下の通りです。
- 王道バランス型（セシル、カイン、リディア、ローザ、エッジ）：攻守のバランスが最も良く、月の遺跡の深層でも安定感抜群。
- 双子魔法特化型（セシル、ローザ、パロム、ポロム、リディア）：「ふたりがけ」や強化された連続魔を軸に、広範囲の敵を高火力で殲滅する編成。
- 物理火力ラッシュ型（セシル、カイン、ヤン、エッジ、ローザ）：アダマンアーマーを前衛に配備し、ヤンの「ためる」やエッジの投擲で単体火力を極限まで高めるボス特化編成。
