マイクラの旗システムには、プレイ環境（Java版と統合版：Switch、PS5、スマホ、Windows等）によっていくつかの明確な仕様差が存在します。
第一に、盾への旗の貼り付け仕様です。かつて統合版では盾のカスタムが非対応でしたが、近年のアップデートにより統合版でも作業台で旗を合成できるようになりました。ただし、盾に転写された模様の解像度や縮小表示のされ方に両エディション間でわずかな差異が見られます。
第二に、地図（マップ）へのマーカーピン留め機能です。Java版では、設置した旗に向かって地図を使用することで、地図上に旗の色と名前付きのマーカーアイコンを恒久的に表示させることができます。探索時の目印として非常に強力ですが、統合版では旗による地図ピン留め機能は実装されておらず、代わりに「名札を付けた防具立て」やコンパス等の代替手段を用いる必要があります。
