塩浴を開始しても呼吸の荒さが収まらない場合や、エラが赤くただれている場合は、躊躇なく魚病薬を使った「薬浴」へステップアップします。エラ病治療で実績の高いおすすめの治療薬と使い分けの基準をまとめました。
【細菌性（エラ腐れ病）に効く代表的な治療薬】
・エルバージュエース：非常に強力な抗菌力を誇り、カラムナリス菌感染によるエラ腐れ病治療の切り札とされる薬剤です。薬効の浸透が早い反面、薬効が強いため規定量を正確に計量し、金魚の体力を慎重に見極めながら使用します。
・グリーンFゴールド顆粒 / 観パラD：抗菌スペクトルが広く、初心者でも扱いやすい細菌感染治療薬です。体表の充血やヒレの赤みを伴う複合症状にも高い治療効果を発揮します。
【寄生虫性（ダクチロギルス等）に効く代表的な治療薬】
・リフィッシュ / マゾテン（またはプラジクアンテル製剤）：エラに寄生したダクチロギルスやギロダクチルスを駆除するための専用薬です。細菌用の薬では寄生虫は死滅しないため、体をこすりつける動作が顕著な場合はこちらを選択します。
なお、0.5%塩浴とエルバージュやグリーンFゴールド顆粒の併用は可能であり、臨床現場でも標準的な併用療法として広く用いられています。ただし、薬の原液を直接魚体に浴びせないよう、あらかじめ別容器の水に溶かしてから均一に水槽へ混ぜることが鉄則です。
