辻仁成さんとの馴れ初めは、1990年代半ばの対談企画や共通の知人を介した出会いがきっかけでした。知性派女優と新進気鋭のロックスター・芥川賞作家というカップルは、当時大きな話題を呼びました。1995年に結婚し、同年に長男が誕生。公私ともに順風満帆に見えた2人でしたが、2000年3月に突如として離婚を発表します。
破局の引き金となったのは、辻仁成さんの女性問題やライフスタイルのすれ違いでした。辻さんが創作活動やパリ移住へと傾倒していく中で生じた心の距離や、一部週刊誌で報じられた女性スキャンダルが決定打になったとされています。南果歩さんは長男の親権を持ち、一人で育てる道を選びました。
離婚に伴う慰謝料について、公式には具体的な金額は公表されていませんが、財産分与や養育費の取り決めは適正に行われたと見られています。辻さんはその後、女優の中山美穂さんと再婚（後に離婚）することになりますが、南さんは一切の恨み言を表に出さず、母親として前を向いて女優業に邁進しました。
