都心にありながら隠れ家のような静けさを持つこの記念館ですが、交通アクセスは極めて良好です。公共交通機関を利用する場合、最寄りとなるのは中井駅です。
林芙美子記念館へのアクセスは、西武新宿線および都営地下鉄大江戸線の「中井駅」から徒歩約7分の道のりです。中井駅の北側へ出て、川沿いや緩やかな坂道を上っていくと、住宅街の落ち着いた街並みの中に記念館の正門が現れます。また、東京メトロ東西線の「落合駅」からも徒歩約15分でアクセス可能です。
中井から中落合にかけてのエリアは、昭和初期に多くの画家や文化人がアトリエを構えた「目白文化村」にも隣接しており、周辺には「佐伯祐三アトリエ記念館」や「中村彝アトリエ記念館」などの文化スポットが点在しています。これらを結んで散策するコースは、新宿の知られざる歴史と芸術の香りを辿る休日プランとして高い人気を集めています。