五合目観光で最も警戒すべきリスクが、急激な気象変化です。富士山スバルライン五合目の天気は平地（麓の富士吉田市など）と大きく異なり、標高差による気温低下は通常10℃〜15℃に達します。真夏であっても山頂方面から冷たい風が吹き降ろすと気温が10℃近くまで急低下し、濃霧や雷雨（ゲリラ豪雨）に見舞われることも珍しくありません。
現地を訪れる前には、山梨県や自治体、道路公社が公開している富士山五合目 ライブカメラの映像をリアルタイムで確認することが鉄則です。麓が晴れていても五合目全体が濃霧に包まれて視界ゼロになっている場合や、逆に麓が曇りでも五合目が美しい雲海の上に出ている「雲海日和」を事前に見極めることができます。
また、晩秋から春先にかけて訪れる旅行者が知っておくべきは富士山スバルライン 冬季閉鎖の理由です。例年11月下旬から4月下旬頃にかけて、標高の高い上部区間（四合目〜五合目付近）は激しい積雪と路面凍結、雪崩のリスクが高まるため、通行止め（冬季閉鎖または一部区間折り返し運行）となります。スバルラインは山岳有料道路特有の急勾配とヘアピンカーブが続くため、安全確保のための物理的措置として閉鎖が実施されています。
