混同されやすい職種に「医療事務」「病棟クラーク」「受付クラーク」といった一般的な医療クラークがありますが、医師事務作業補助者は法律および診療報酬上の位置付けが根本から異なります。
医師事務作業補助者は、厚生労働省が定める「医師事務作業補助体制加算」を病院が算定するために配置される職種であり、その業務範囲は「医師が行うべき事務作業を直接代行すること」に限定されています。患者窓口の会計処理や受付業務、レセプト（診療報酬明細書）請求といった一般事務は原則として担当できません。
具体的には、以下のような「医師の右腕」となる専任業務が日常のメインワークとなります。
- 診断書・各種証明書の代行作成： 生命保険診断書、傷病手当金支給申請書、主治医意見書などの下書き。
- 電子カルテ・診療記録への代行入力： 外来診療時の医師の問診・所見のリアルタイム入力代行、検査オーダー・処方オーダーの下書き。
- 診療に関するデータ整理・登録： がん登録、各種学会の症例データベース（NCD等）への臨床データ入力。
- カンファレンス・医療連携の準備： 紹介状（診療情報提供書）の下書き作成や返書管理、他院からの画像取り込み。
