木更津総合高校の偏差値を語る際、単一の数値を当てはめることは受験戦略上、極めて危険です。千葉県の標準的な模試（Vもぎ・Sもぎ等）の最新偏差値データによると、同校の学力帯は大きく二層に分かれています。
国公立大や難関私立大の現役合格をターゲットに据える木更津総合高校特進コース（特別進学コース）の偏差値は56〜58に位置します。公立校で言えば木更津高校の併願先、あるいは袖ヶ浦高校や君津高校の上位合格層と重なる難易度です。これに対し、多様な進路や部活動との両立を主眼に置く総合コース（進学・情報ビジネス・スポーツ・医療看護などの系列）の偏差値は43〜46前後にとどまります。
「特進と進学で合格ラインが激変する」という噂の真相は、学校法人の設立経緯と指導方針に直結しています。同校は2003年に木更津中央高校と木更津女子高校が統合して誕生した経緯があり、地域全体の多様な学力層・進路ニーズを一手に引き受ける「総合学園構想」を掲げています。その結果、学究肌の進学校としての顔と、キャリア教育・スポーツ振興校としての顔がひとつの校舎群の中に同居する構造が定着しました。
入試本番における木更津総合高校合格ラインも明確に分かれており、特進コースの一般入試では3教科合計で210点〜230点以上（得点率70％前後）が求められるのに対し、総合コースは130点〜150点前後（得点率45〜50％）が安全圏とされています。合格を目指すにあたっては、自身がどちらの教育カリキュラムを志望しているのかを明確にした上で目標設定を組み立てる必要があります。
