見学を終えた来館者が最後に吸い寄せられるのが、1階のショップコーナーだ。ここで販売されているオリジナルグッズの熱狂的な人気は、他の博物館の追随を許さない。サナダムシの全長をモチーフにした実物大(8.8m)プリントTシャツや、リアルな寄生虫のアクリルキーホルダーは入荷のたびに完売を繰り返す。
「気味が悪いけれど、どこか愛らしい」。そんな絶妙なラインを突いたデザインセンスは、若者のストリートファッションやサブカルチャーの文脈とも共鳴している。収益は全額、施設の維持管理や研究活動に充てられており、グッズの購入自体が文化財保護への参画という側面を持っている。