東山高校の名を全国に轟かせている最大の要因の一つが、運動部の圧倒的な競技力です。特に男子バレーボール部とサッカー部は、京都府代表の枠を超えて全国大会の頂点を争うメガ強豪として君臨しています。
バレーボール部は全日本バレーボール高等学校選手権大会（春高バレー）やインターハイで全国制覇を達成。卒業生には日本代表のエースとして世界最高峰のイタリア・セリエAで活躍する髙橋藍選手を筆頭に、日本バレーボール界を牽引するトッププレーヤーが名を連ねています。また、サッカー部も全国高校サッカー選手権大会で準優勝を飾るなど、激戦区・京都を制して全国の舞台で数々の名勝負を演出し、ブンデスリーガや日本代表で主力を担う鎌田大地選手をはじめとする多数のプロサッカー選手を世に送り出してきました。
特筆すべきは、これらの部活動が単なるスポーツ偏重の育成を行っているわけではない点です。東山高等学校では、部活動に所属する生徒に対しても厳格な学業管理が課されており、定期考査で基準点に達しない場合は補習を最優先させるなど、競技力向上と知性の錬成を切り離さない組織運営が徹底されています。過酷な練習環境の中で培われる時間管理能力と逆境への耐性が、卒業後のプロキャリアや大学進学先での飛躍的な成長を支える根底となっています。
