家系の系譜を物語る重要な手掛かりが「家紋」です。降旗家において最も広く見られる家紋は、本流である小笠原氏の象徴である「三階菱（さんかいびし）」系統の紋様です。
小笠原家といえば、武家礼法の最高峰として名高く、三階菱の紋は清和源氏の流れを汲む正統派武士の証とされてきました。信濃に定着した降旗一族の多くが、この三階菱を基本としながら、独自の意匠を加えた家紋を墓石や家宝に刻んでいます。
また、地域や分派によっては、地域の鎮守神社への信仰を示す「諏訪梶の葉（すわかりのは）」や、尚武の気風を表す「丸に違い鷹の羽（まるにちがいたかのは）」を掲げる家系も確認されています。いずれの家紋も、信州の風土と武士階級の厳格な血統意識を色濃く反映しています。
