百年記念館の建物内部は、機能的かつ開放感あふれるフロア構成になっています。エントランスロビーを抜けると広々としたホワイエが広がり、六甲ホールのメインエントランスへと直結しています。ホワイエはガラス張りになっており、昼間は自然光が差し込む明るい空間で、ポスターセッションや展示会、休憩時の歓談エリアとして有効活用されています。
また、フロア内には六甲ホールのほかにも、中会議室や特別会議室などのサブスペースが配置されています。大規模な学術大会では、メイン会場を六甲ホールとし、分科会や控室、役員会議用として別フロアの会議室を併用するレイアウトがスムーズに組める動線設計がなされています。
